Soutok Moravy a Dyje je jedním z přírodně nejcennějších území v republice. Na potřebu velkoplošné ochrany zahrnující celou plochu evropsky významných lokalit AOPK ČR dlouhodobě upozorňuje s tím, že je pro správu území vhodnější než soustava maloplošných chráněných území různých kategorií. Jde o výhodnější formu i pro místní hospodáře.

Praxe v Evropě je různá, někde se v národních parcích hospodaří a mají charakter spíše jako naše CHKO, někde se jedná o primárně nebo cílově bezzásahová území. Převažuje druhý model. V České republice přístup k zajištění péče a interpretace velkoplošných chráněných území vychází z kritérií IUCN. Na Soutoku bude pro zachování přírodních hodnot na většině plochy potřeba nadále aktivní péče, jen necelá 4 % území jsou uvažována jako bezzásahová.

AOPK ČR po mnoha letech vloni uzavřela s Lesy ČR průlomovou dohodu, ve které byly nově zakotveny základní principy ekologicky šetrného lesního hospodaření v oblasti a která byla také zohledněna v nových lesních hospodářských plánech. Tím by měla být ukončen desetiletí trvající nevhodný model obhospodařování. Záležet ale bude na ochotě státních lesů tuto dohodu naplňovat. Proto jedinou dostatečnou zárukou zachování zdejší unikátní přírody je velkoplošná ochrana, ať již bude zvolena jakákoliv kategorie.