Soutok Moravy a Dyje je největším komplexem lužních lesů ve střední Evropě. Díky kombinaci mimořádných přírodních i kulturních hodnot byl význam této oblasti oceněn i v mezinárodním měřítku.
Biosférická rezervace
Od roku 2003 je území součástí Biosférické rezervace Dolní Morava. Hlavním cílem sítě rezervací, vyhlašovaných pod patronátem organizace UNESCO, je skloubení zájmů ochrany přírody a lidské činnosti.
Natura 2000
Soustava Natura 2000 představuje celoevropskou síť chráněných území dvou typů: ptačích oblastí a evropsky významných lokalit. Území je z velké části pokryto ptačí oblastí Soutok-Tvrdonicko (vyhlášenou zejména pro ochranu populací a druhů: čáp bílý, orel královský, včelojed lesní, luňák hnědý, luňák červený, raroh velký, ledňáček říční, žluna šedá, strakapoud prostřední, lejsek bělokrký), částečně sem zasahuje i ptačí oblast Lednické rybníky (zde jsou předmětem ochrany kvakoš noční, husa velká, lžičák pestrý, zrzohlávka rudozobá). Jako evropsky významné lokality byly vyhlášeny Niva Dyje (předměty ochrany jsou kromě lužních ekosystémů i druhy jako páchník hnědý, roháč obecný nebo kuňka ohnivá) a Soutok – Podluží (zde jsou zájmovými druhy mj. čolek dunajský, tesařík obrovský nebo vydra říční).
Ramsar
Území je také od roku 2003 součástí sítě mezinárodně významných mokřadů podle Ramsarské úmluvy, a to díky Lednickým rybníkům a zejména trilaterálním Mokřadům dolního Podyjí.
UNESCO
Na seznam světového dědictví organizace UNESCO byla v roce 1996 zapsána kulturní krajina Lednicko-valtického areálu.
Všechna tato ocenění dokládají, že se jedná o opravdu unikátní krajinu. Nenabízejí však mnoho možností pro její praktickou ochranu tak, aby tyto hodnoty – vzniklé dlouholetým spolupůsobením člověka a přírody – zůstaly i nadále zachovány.