Praktická činnost ochrany přírody spočívá v opatřeních prováděných pro udržení nebo zlepšení biodiverzity. Na Soutoku se můžete setkat mimo jiné s následujícími typy.

Ponechávání výstavků

Před těžbou dřeva jsou vytipovány vybrané stromy, které nejsou pokáceny – tzv. výstavky. Časem by se mohly stát domovem mizejících druhů a z části nahradit stávající stromy-veterány. Pokud změnu podmínek nevydrží a uschnou, využijí jejich odumírající dřevo ke svému vývoji či životu zase jiné druhy. Donedávna byly ponechávány v průměrném počtu 100 kusů na deset hektarů, jednotlivě nebo ve skupinách. Od schválení nového lesního hospodářského plánu, tedy od roku 2021, již porosty s převahou dubu nejsou obnovovány holosečným způsobem a ve zbylých porostech je výstavků ponecháváno až 20-30 ks / ha (v případech, že se v daném porostu takové vhodné, biologicky hodnotné stromy nacházejí). Ty nejcennější stromy by měli doplnit tzv. adepti, ze kterých se také jednou stanou mohutné stromy. Vzledem k tom, že došlo ke změně obnovního způsobu u porostů s vysokým zastoupením dubu, lze považovat zvýšený počet výstavků za dostačující. Za každý ponechaný strom vyplácí AOPK ČR lesním hospodářům náhradu. Konkrétně Lesnímu závodu Židlochovice je každoročně vyplacena částka v rozmezí 3-10 miliónů Kč.

Prosvětlování porostů a uvolňování starých stromů

Otevřené lesy z území během posledních století prakticky vymizely, staré stromy-veteráni se dostali do zapojeného lesa a přišly o oslunění, které jim vyhovuje. Z toho důvodu je důležité na vybraných vhodných místech současný zapojený les prosvětlit – vykácet některé stromy tak, aby se zmenšil zápoj koruny a do porostu se dostalo více světla. Okolo perspektivních stromů-veteránů v dobrém zdravotním stavu je důležité odstranit okolní stromy a tím jim znovu dopřát dostatek světla. Donedávna tato opatření probíhala (ve spolupráci s lesním závodem Židlochovice) jen velmi omezeně, zejména v porostních okrajích přiléhajících k loukám, a byla hrazena z prostředků ochrany přírody. Během platnosti nového lesního hospodářského plánu, tj. do roku 2029, se počítá s prosvětlením až 700 ha lesních porostů s převahou dubu v obou evropsky významných lokalitách (EVL Soutok-Podluží a EVL Niva Dyje) v rámci odlišného způsobu obnovy porostů v dlouhém časovém horizontu s periodickým prosvětlováním. To, jestli aktivních zásahy budou realizovány na celé ploš,e však ovlivňuje mnoho faktorů, přičemž mezi nejvýznamější patří výše nahodilých těžeb v ostatních porostech a vůle vlastníka tyto zásahy provádět.

Dosazování solitérů

Posledních několik desetiletí nebyly pěstovány stromy, které by nahradily stávající solitéry. Na vybraná místa na loukách – například v okolí dožívajících solitérů – se dosazují skupinky mladých stromů (hlavně dubů), z nichž by perspektivně mohly vyrůst nové solitéry. Opatření jsou z velké části hrazena z Operačního programu Životní prostředí. Jelikož se předpokládá, že mnohé z vysazených stromů se úplného stáří nedožijí, je nutné v tomto opatření pokračovat.

Ponechávání mrtvého dřeva

Mrtvé, pomalu se rozpadající a trouchnivějící dřevo je důležitým prostředím pro vývoj mnoha organismů, do okolní půdy dodává živiny a může chránit semenáčky. Proto je důležité, aby nebylo všechno odtěženo a odvezeno z lesa, ale v odpovídajícím množství zůstalo. Dostatek mrtvého dříví by měl být zajištěn zejména v porostech, které mají být ponechány samovolnému vývoji. Část mrtvého dříví vznikne po rozpadu výstavků. Přesto je nutné do budoucna s ohledem na výskyt některých zvláště chráněných druhů zajistit mrtvé dříví i na území, kde má probíhat aktivní hospodaření.

Samovolný vývoj

Zatímco v některých místech jsou pečlivě naplánovaná péče a zásahy nutné, na jiných lokalitách ponecháváme části lesa samovolnému vývoji, bez jakýchkoli zásahů člověka. Taková území (v posledních desetiletích například území NPR Ranšpurk a NPR Cahnov-Soutok) slouží jako jakási laboratoř ukazující, jak se les vyvíjí samovolně. Nejde ale o pralesy v pravém slova smyslu, i tyto porosty člověk dlouhodobě ovlivňoval přímo a stále je ovlivňuje nepřímo (změnou vodního režimu, regulací zvěře, hospodařením v blízkém okolí apod.). Mnoho porostů v oblasti Soutoku, které nebyly rozpracovány těžbou, jsou velmi podobné těm, které jsou dnes chráněny ve dvou velmi malých NPR. Proto AOPK ČR zpracovala návrh, kde jsou ty nejvýznamnější části také zařazeny do území s omezeným hospodařením – NPR Lanžhotské pralesy (včetně obou stávajících NPR celkem 430 ha). Za ponechání lesa samovolnému vývoji vyplácí AOPK ČR státnímu podniku Lesy ČR každoročně náhradu za újmu za ztížení lesního hospodaření. Jen za území NPR Ranšpurk a NPR Cahnov-Soutok je nyní každoročně státní ochranou přírody vyplacena státním lesům částka okolo 600 000 Kč.

Kosení luk

Louky jsou vázané na činnost člověka – kosení nebo pastvu. Bez té postupně zarůstají nálety dřevin a stromy, mizí na úkor lesa. Za poslední století lesem zarostlo 15 % luk. Vzhledem k rozloze travních porostů na Soutoku se kosení většinou provádí strojově. Aby nenapáchalo více škody než užitku, je ale důležité dodržovat některé zásady: vhodný termín a zejména ponechávat určité části luk (například v pásech) nepokosené (a tyto části následně pokosit o rok později). Hmyz, ale i další organismy, nepokosenou trávu potřebují . Pokud je totiž pokoseno v rozmezí několika dnů vše, nemají tyto organismy mnoho šancí přežít a dokončit svůj vývoj. Na některých místech se objevují a rychle šíří expanzivní a invazivní druhy, které vytlačují ostatní rostliny – ty je zapotřebí co nejrychleji potlačit. Mnohé louky byly v minulém století po zregulování řek, a tím omezení záplav, rozorány na pole. Často však nejsou příliš úrodná a trpí podmáčením. Takové plochy je vhodné znovu zatravnit.

Ořez vrb na hlavu

Po dohodě s hospodařícím subjektem bylo místo úplného skácení přistoupeno k ořezu vrb na tzv. hlavu. Cílem takového opatření je kromě prodloužení životnosti stromu také tvorba dutin vhodných pro některé druhy živočichů. Po ořezu se strom začne větvit z kmenových výhonků. Pokud se ořezává pravidelně, vytváří se ve kmeni dutiny s trouchem, který osidluje např. páchník hnědý.

Povodňování lužních lesů

Původní přirozené záplavy je po vodohospodářských úpravách nutno simulovat uměle. Stávající vodohospodářské objekty však umožňují přivádět vodu do oblasti Soutoku jen při poměrně vysokých vodních stavech, které při současném suchu nastávají minimálně. Vodní deficit se tak nedaří vyrovnávat. V přípravě je proto klapkový jez na Dyji, který umožní krátkodobé zvednutí hladiny v řece a rozlití vody do soustavy vodotečí. Zároveň ale nevytvoří migrační bariéru pro vodní živočichy. Klapkový jez je připravován ve spolupráci státních podniků Lesy ČR, Povodí Moravy a státní ochrany přírody - AOPK ČR. V případě vyšších srážkových úhrnů je poldr Soutoku částečně zaplaven i bez umělé manipulace. Tak tomu bylo např. po polovině dubna 2023.