Přirozená koryta vodních toků

S celou škálou různorodých stanovišť představují přirozené životní prostředí pro mnohé druhy organismů, kteří zde nachází potravu i úkryt před predátory. Jsou zde prudké, erozí „ohlodané“ svahy na nárazových březích - vhodná místa pro hnízdění ledňáčků říčních a břehulí říčních. Pozvolné břehy z ukládaného písku sloužící jako hnízdiště a zdroj potravy pro kulíka říčního, vzácně i pisíka obecného. Pestrý charakter má i dno toku.

Uměle upravená koryta toků

V tocích s uměle upravenými koryty chybí místa o různé hloubce vody i místa s rozdílnou silou proudu. Voda teče všude skoro stejnou rychlostí, břehy mají stejný sklon. Není tedy divu, že v takových podmínkách najde své místo pro život mnohem méně organismů – ať již protože se nemají kde schovat před predátory, nebo potřebují pro svou existenci specifická stanoviště, chybějící v upraveném toku.

Vedlejší a slepá ramena toků

Tato ramena toků poskytují vhodný prostor pro fytofilní druhy ryb (kapr, štika), které ke svému rozmnožování potřebují klidnější vody a ponořenou vegetaci, na něž přilepují své jikry. V říčních ramenech i uměle vybudovaných kanálech můžeme vzácně nalézt i atraktivní druhy vodních rostlin, jako je leknín bílý nebo stulík žlutý. Z vzácných vodních živočichů můžeme jmenovat velevruba tupého, škebli plochou nebo pijavku lékařskou.

Celé území Soutoku je považováno za naši nejcennější ichtyologickou lokalitu, kde je zastoupeno 80 % původních druhů ryb, z toho 15 % žije pouze zde. Území představuje jednak bohatou lokalitu pro vzácné druhy kanálů, ramen a tůní, jako jsou piskoř pruhovaný, hořavka duhová nebo sekavec podunajský, jednak je unikátní pronikáním dunajských ryb řekami Dyjí a Moravou, jako jsou např. jeseter malý, ostrucha křivočará, ježdíci dunajský a žlutý nebo drskové menší i větší.

Periodické tůně

Periodické tůně hostí mimo jiné převzácné příbuzné dávných trilobitů – žábronožky a listonohy. Samozřejmostí jsou různé druhy vážek, šídel a ploštic. Některé tůně zůstávaly bez ryb, nebo v nich nebyly schopny přežít dravé ryby. Takové tůně jsou eldorádem obojživelníků, jejich zastoupení v oblasti Soutoku čítá 12 druhů z celkových 21 v rámci ČR, za zmínku stojí především populace kuňky obecné, skokana ostronosého Wolterstorffova a nejvzácnějšího z našich „vodních“ skokanů – s. krátkonohého. V tůních můžeme nalézt i specializované druhy ryb, jako je piskoř pruhovaný. Jako adaptace na extrémní podmínky s vysycháním se u něj vyvinulo střevní dýchání.

V hlubších tůních žije i jeden z unikátů lužních lesů, totiž čolek dunajský. Je to jeden z našich nejohroženějších obratlovců, akutně ohrožený vymřením na území celého státu. V ČR byl nalezen až v r. 1993 a to právě v oboře Soutok. Žije pouze v lužních lesích, i z těchto lokalit však pomalu mizí. Na vině je mimo jiné i frézování pasek. Krom přímé likvidace čolků vytváří frézování holou suchou pustinu. Čolci a méně pohyblivé žáby, například kuňky, na ní rychle vyschnou a zahynou.

Tůně jsou také vhodnou lokalitou pro rozmnožování komárů, ve zdejších lužních lesích vyskytuje 35 druhů z celkových 44 žijících v ČR.